Exjobbsförslag från företag

Detta är ett uppsatsförslag hämtat från Nationella Exjobb-poolen. Klicka här för att komma tillbaka till samtliga exjobbsförslag.

Förslaget inkom 2003-12-04

NYA ALGORITMER FÖR KARAKTERISERING AV STORA ANTAL GEN- OCH PROTEIN SEKVENSER

OBS! ANSÖKNINGSTIDEN FÖR DETTA EXJOBB HAR LÖPT UT.
De flesta algoritmersom som finns för analysering av gen- och proteinsekvenser har utvecklats för att användas för analys av en begränsad mängd sekvenser. Sekvensbestäming av det mänskliga genomet tillsammans med ett antal andra genom, exempelvis mus och benfiskar, samt sekvensbestämning av vissa gener hos många individer (sk polymorfi), har gjort att antalet tillgängliga sekvenser har ökat exponentiellt. Många av det verktyg som används för genetiska analyser, tex sökning, jämförelser och fylogeni utnyttjar alignment av två eller flera sekvenser. Ett av problemen med den här typen av jämförelser och även fylogenetiska analyser är att när antalet sekvenser ökar så ökar antalet möjliga lösningar explosionsartat. De algoritmer som finns idag är dels långsamma för stora datasett, dels har de en tendens att fastna i ett lokala minima och därför hittas inte den optimala globala lösningen. Detta är ett problem som vi håller på att lösa med hjälp av bland annat av genetiska algoritmer. Vi arbetar i huvudsak med gener ifrån en genfamilj som kallas G-protein kopplade receptorer (GPCRs). Dessa utgör måltavla för ungefär 40-50% av alla moderna läkemedel. Vi har genom bioinformatiska studier fått fram ett komplett data set mänskliga GPCRs (över 800 gener, motsvarar kring 2% av generna i genomet) vilket utgör en unik grund för att testa alternativa algoritmer i ett biologiskt perspektiv. Våra lösningar kommer till direkt användning i frågoställningar kring receptorernas struktur, och för hur ett läkemedel ska designas. Vi hoppas även få fram lösningar som är användbara for storskalig genomanalys och kartläggning av hela kromosomer med matchning av sjukdomar och gener. De flesta studenter som vi har handlett har blivit medförfattare på en eller flera vetenskapliga publikationer, vilket är en utmärkt meritering för ett industiarbete eller eventuell fortsatt forskning. Metoderna, grundfrågoställningarna samt GPCRs har stort intresse hos läkemedels och biotech industrien.Vi har även goda resurser för att ge studenter stipendium vilket gärna kan knytas till examensarbetet. Vi ger gärna referenser till våra tidigare examensarbetare och uppmuntrar er att ta kontakt med dem. Helgi Schiöth, docent, Institutionen för Neurovetenskap, farmakologi, BMC, korridor B3, plan 2, tel 4714160. E-mail. [email protected]. Övriga handledare: Robert Fredriksson, Malin Lagerström, David Lindström , Pär
Höglund och Tobias Hill.


  GÅ TILL XJOBB.NU FÖR FULLSTÄNDIG INFO OM DETTA EXJOBB




Informationen om uppsatsförslag är hämtad från Nationella Exjobb-poolen.